장내 미생물은 위장관에 살고 있는 박테리아 및 기타 미생물을 포함한 미생물군집으로 소화, 신진대사, 면역, 뇌 기능 등 다양한 신체 기능에 중요한 역할을 담당한다. 이러한 장내 미생물을 건강하게 유지하는 것은 전반적인 웰빙에 필수적이며, 식이섬유가 풍부한 식단의 섭취는 미생물의 다양성을 증가시켜 건강 증진에 도움을 준다. 아몬드와 장 건강과의 연관성에 관한 연구가 증가하고 있는 가운데, 아몬드가 장내 미생물과 전반적인 장 건강에 도움을 줄 수 있음을 입증하는 여러 연구 결과가 있다.
한 연구에 따르 면 아침 식사를 주로 거르는 대학 신입생들을 대상으로 이들의 아침 식단에 아몬드 간식을 포함시킨 결과, 장내 미생물의 다양성과 조직 구성이 개선된다는 사실이 밝혀졌다. 연구원들은 아침 간식으로 아몬드를 섭취한 그룹과 그레이엄 크래커를 섭취한 그룹의 장내 미생물의 다양성과 풍부함을 조사했다. 중재 기간 이후 아몬드 섭취 그룹은 크래커 섭취 그룹보다 장내 미생물의 양적 알파 다양성이 3%, 질적 알파 다양성이 8% 더 높았다. 기존 연구에서 제안된 바와 같이 박테리아의 풍부함이 증가한 것은 당불내성 및 인슐린 민감성과 같은 건강에 긍정적인 결과와 관련되어 있다. 연구진에 따르면 아몬드의 식이섬유, 단일불포화지방, 폴리페놀 함량이 알파 다양성 증가의 원인일 가능성이 높은 것으로 보인다.
또 다른 연구에 따르면 아몬드 섭취가 장내 특정 유익균의 상대적인 풍부도를 증가시키는 것으로 나타났다. 이 연구는 아몬드의 다양한 형태에 따른 대사에너지를 측정하기 위해 고안되었으며, 연구진들은 장내 미생물 변화를 추적하기 위해 대변 샘플을 수집했다. 건강한 성인 남녀 18명으로 구성된 그룹은 3주 동안 매일 1.5회 분량(43g)의 아몬드를 통아몬드, 볶은 아몬드, 잘게 썬 아몬드, 아몬드 버터 중의 한 형태로 섭취했다. 참가자들은 3주 주기로 아몬드를 각 형태별로 섭취했으며, 3주가 끝날 때마다 이들의 대변 샘플이 채취되었다. 연구진은 아몬드에 함유된 식이섬유와 다중 불포화 지방산이 장내 미생물 구성을 조절하는데 부분적으로 관여할 수 있음을 보여 주고 있다.